上世纪80年代以前，珠江三角洲受咸潮危害最突出的是农业。珠江三角洲沿海经常受咸害的农田有68万亩，遇大旱年咸害更加严重，如1955年春旱，盐水上溯和内渗，滨海地带受咸面积达138万亩之多。1964年春，由于盐水上涌，滨海地带当年曾插秧4次。位于鸡啼门的斗门县（现为珠海市斗门区），常年受咸达7个多月，严重年份达9个月。经常受咸的农田主要分布在番禺、东莞、中山、新会、珠海等地。
上世纪80年代以来，随着珠江三角洲城市化进程的加速发展，农业用地大幅减少，受咸潮影响的主要对象已转为工业用水及城市生活用水。如1998年10月至1999年4月间，珠海市居民有相当长时间用的是“带咸”的自来水。2004年10月，咸潮影响比以往严重。以磨刀门水道为原水的各水厂供水含氯度经常高达800 mg/L。近年来，西江、北江持续干旱，上游来水偏枯，河口咸潮上溯增强，影响范围扩大到广州、东莞、中山的大部分地区，甚至佛山的南海区也受到影响，区域影响人口近1500万人，并已严重影响澳门特别行政区和珠海市的市民生活和社会安定。
2004年以来，珠江流域干旱灾害频繁，咸潮影响范围增大。随着2005年和2006年枯季珠江压咸补淡应急调水，2006～2007年枯季起珠江枯季水量统一调度后，咸潮对供水影响得到有效缓解，珠海和澳门等地也没再出现超标供水的现象。
